Στη συνέχεια, μια μικρή ποσότητα της ενέργειας του φωτός από την συσκευή του LASER κατευθύνεται μέσω μιας μικροσκοπικής ίνας, που τοποθετείται απαλά μεταξύ των ούλων και των δοντιών. Αυτή η ενέργεια LASER αφαιρεί ένα μικροσκοπικό ποσό των προσβεβλημένων ιστών και υποβοηθά στη μείωση των βακτηρίων που σχετίζονται με τη νόσο. Καθώς  σε μελέτες που έχουν γίνει δεν έχει αποδειχθεί ότι η θεραπεία με LASER προσφέρει μεγάλο πλεονέκτημα σε σχέση με τις συμβατικές μεθόδους γίνεται προσεκτκή επιλόγή των περιστατικών που θα χρησιμοποιήσουμε το LASER.